真核转录组测序

真核转录组测序对真核生物特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序,既可研究已知基因,亦能发掘新基因,可以全面快速地获得mRNA序列和丰度信息。根据有无参考基因组,真核转录组测序可以分为:有参考转录组和无参考转录组。

测序平台与策略

HiSeq PE150,  200bp 文库  

技术线路
分析内容及分析图展示(部分)

真核转录组(无参考基因组)

标准信息分析

1.原始数据QC

2. 转录组组装

3.CDS预测

4.CDS功能注释:KEGG,Swiss-Prot,COG,NR,GO数据库

5.转录本表达丰度

6.转录本差异分析

7.SSR分析

8.SNP分析

9.主成分分析(只针对5个样品以上的项目)

10.条件特异表达基因(只针对3个以上非生物学重复样品的项目)

真核转录组(无参考基因组)

标准信息分析

1.原始数据QC

2.参考序列比对分析

3.基因表达水平分析

4.基因差异表达分析

5.显著差异基因分析

6. 外显子表达水平分析

7.可变剪切分析

8.已知基因结构注释优化

9.新基因预测及新基因功能注释

10.反义转录本的鉴定(只针对链特异性文库项目)

11.SNP分析

12.主成分分析

16.条件特异表达基因

17.网络分析

  • 共表达网络示意图

  • SNP数量统计图

技术优势
  • 项目经验丰富

    文章产出量高

  • 实验技术成熟

    分析方法合理

  • 分析内容全面

    紧跟国际研究前沿

  • 图片展示精美

    备受主流期刊青睐