真核转录组测序

真核转录组测序对真核生物特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序,既可研究已知基因,亦能发掘新基因,可以全面快速地获得mRNA序列和丰度信息。根据有无参考基因组,真核转录组测序可以分为:有参考转录组和无参考转录组。

测序平台与策略

采用Illumina测序平台,PE150的测序策略

技术路线
生物信息分析流程及部分结果展示

生物信息分析流程图


各个样本基因表达量FPKM箱线图和分布图 

 

    差异基因KEGG富集通路图    差异基因KEGG富集散点图1


差异基因KEGG富集散点图2    差异基因GO富集DAG图

                                                                                                                         

应用领域

医学领域:通过对细胞中的mRNA进行高通量测序,检测基因表达水平差异,对基因结构进行分析,可通过基因表达水平筛选分子标记物、研究药物作用机制和靶点,并人体生长发育的生理机制和复杂疾病机制上进行研究。

农林业领域:通过研究不同生长条件的植物或某种刺激前后的基因表达情况,揭示物种独特性状以及研究植物对环境的抗性、适应性等遗传基础。主要应用于:植物疾病研究、植物抗逆研究、植物遗传与育种研究等。

畜牧业领域:通过研究动物细胞中的转录表达水平,可以探究动物在不同发育阶段以及各器官的基因表达模式,研究动物对环境的抗性和适应性机制等。