原核转录组测序

原核转录组测序对原核生物特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序,不仅能够对mRNA进行表达定量分析,分析差异表达基因及其相应功能,同时还能够获得Non-coding RNA(sRNAs)的信息,通过sRNAs的靶基因预测和共表达分析研究sRNAs对应的功能。

测序平台与策略

采用Illumina测序平台,PE150的测序策略

技术路线
生物信息分析流程及部分结果展示

生物信息分析流程图


       
                 不同覆盖度的基因占比图      差异表达基因火山图

 

 

差异基因KEGG富集通路图 差异基因表达量的平均值折线图    差异基因KEGG富集散点图

                                                                                                                                               



应用领域

医学领域:通过对原核生物细胞中的mRNA进行高通量测序,检测基因表达水平差异,对基因结构进行分析,可通过基因表达水平筛选分子标记物、研究药物作用机制和靶点,并对原核致病菌的作用机理进行深入研究。

动植物领域:通过研究原核生物基因表达水平和基因结构,揭示动植物与微生物等的互作机制、微生物侵染致病机理等。主要应用于:植物疾病研究、植物遗传与育种研究等。