原核转录组测序

原核全谱转录组测序指从样品中提取total RNA后,并利用试剂盒过滤rRNA,将过滤后的RNA反转录成cDNA 进行测序分析的过程。 通过高通量测序,不仅能够对mRNA进行表达定量分析,分析差异表达基因及其相应功能,同时还能够获得Non-coding RNA(sRNAs)的信息,通过sRNAs的靶基因预测和共表达分析研究sRNAs对应的功能。

测序平台与策略

HiSeq PE150, 200bp 文库 

技术线路
分析内容及分析图展示(部分)

原核转录组(含sRNA分析)

标准分析

 

1. 原始数据QC

2. 测序数据评估

3. reads与参考基因组和基因的比对统计

4. 基因表达注释

5. 基因结构注释及优化

6. sRNA的注释及其相关分析

7.SNP分析

8.主成分分析(只针对五个样品以上的项目)

9.条件特异表达基因(只针对3个以上非生物学重复样品的项目)

10.共表达网络分析(只针对5个以上非生物学重复样品的项目)

11.蛋白互作网络分析(对感兴趣的候选基因列表,或者某个通路的基因列表,默认以差异表达基因来分析)

  • KEGG数据库中B cell receptor signaling pathway的详细信息

  • GO富集程度统计散点图

技术优势
  • 项目经验丰富

    文章产出量高

  • 实验技术成熟

    分析方法合理

  • 分析内容全面

    紧跟国际研究前沿

  • 图片展示精美

    备受主流期刊青睐