单菌重测序

基因组重测序,即对已有参考基因组物种的不同个体进行基因组测序,通过生物信息分析方法,比较不同个体/群体基因组间基因拷贝数(CNV)、单核苷酸多态性位点(SNPs)、插入/缺失(Indel)等变异类型、以及Ka/Ks进化压力分析、系统发育树构建等。

测序平台与策略

产品 

测序平台 

测序策略 

测序深度 

细菌重测序

Illumina PE150

350bp小片段文库

≥100 X

真菌重测序

Illumina PE150

350bp小片段文库

≥30 X

技术路线
生物信息分析流程及部分结果展示

 

生物信息分析流程

 

共线性分析    比对点阵图(共线性分析,较常用于复杂基因组)    基因Ka/Ks分布情况    

                                                                                                                                                                        

应用领域

基因组重测序是对已知的基因组进行测序,并对个体或者群体样品进行分析的研究。细菌/真菌重测序可以分析近源菌种之间的单核苷酸多态性(SNP)、插入(Insertion)、缺失(Deletion)等基因组变异类型,检测基因序列间的位点差异和结构变异,在全基因组水平上解释导致性状差异的原因,进而可以为筛查菌株的优良性状、菌株抗药性等研究提供指导与依据。