单菌基因组De novo测序

基因组De novo测序,也叫从头测序,即对未知基因组序列或无近源物种基因组信息的某个物种的基因组DNA片段及其文库进行测序,然后用生物信息学方法进行拼接、组装和注释,并对其进行结构和功能研究,尽可能地获得该物种的基因组序列图谱,从而推动该物种的后续研究。
真核(真菌)和原核生物(细菌)基因组结构存在较大差异,组装方式和注释数据库有所不同,将单菌全基因组测序分为细菌基因组测序和真菌基因组测序;依据研究目标的精细程度,对于细菌我们提供细菌框架图和细菌完成图两种不同的解决方案,对于真菌我们提供真菌survey、真菌框架图和真菌精细图三种不同层次的解决方案。

测序平台与策略

产品 

测序平台 

测序策略 

组装指标 

细菌框架图

Illumina PE150

500 bp小片段文库 ≥100 X

承诺测序深度

细菌完成图

PacBio

SMRT文库 ≥100 X

1 contig, 0 Gap

真菌survey

Illumina PE150

500 bp小片段文库 ≥100 X

承诺测序深度

真菌框架图

Illumina PE150

500 bp小片段文库 ≥100 X

承诺测序深度

真菌精细图

PacBio

SMRT文库 ≥70 X

基因组<100Mb且杂合度<0.8%,我们承诺Contig N50>1Mb

技术路线
生物信息分析流程及部分结果展示

细菌基因组De novo测序生物信息分析流程

真菌基因组De novo测序生物信息分析流程



COG数据库注释功能分类图        次级代谢产物合成基因簇注释   

 

 

      
共线性分析                               基因组圈图构建

                                                                                                                                                      

应用领域

细菌基因组De novo测序

细菌基因组De novo测序已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制,关键功能基因的重要工具,可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制;在研究病原菌的致病性与疾病的预防和治疗方面,可以鉴定致病相关基因、开发和研究疫苗、开发新型抗生素等;在研究细菌进化方面,可以研究种内进化关系。

真菌基因组De novo测序

在植物致病性真菌研究方面,可以鉴定致病真菌与农作物互作及致病的相关基因,并可用于研究与其近缘物种的进化关系,比较基因组研究等;在食用真菌和药用真菌的研究方面,可以用于发现真菌复杂的代谢途径,鉴定其对人有益的代谢产物,及物种进化关系的研究,比较基因组等;另外还可应用于生物防治真菌的研究,工业酵母菌的研究等。