16S/ITS等扩增子测序

16S rRNA基因存在于所有细菌的基因组中,是细菌编码rRNA相对应的DNA序列,其高度的保守性和特异性是细菌进化的“分子尺标”。16S rDNA测序是指对环境样品中的16S rRNA基因高变区进行PCR扩增及高通量测序的一种技术,广泛应用于样本中微生物群落的快速鉴定。
在真核生物rDNA中,18S rDNA和28S rDNA转录间隔序列称为ITS,位于18S和5.8S之间的为ITS1区,位于5.8S和28S之间的为ITS2区。18S、5.8S和28S的基因序列在大多数生物中趋于保守,物种间变化小,而转录间隔区ITS1和ITS2作为非转录区,在进化过程中承受的自然选择压力较小,能容忍更多的变异,在绝大多数的真核生物中表现出了极为广泛的序列多态性,可用于真菌分类鉴定。

测序平台与策略

采用Illumina测序平台,PE250的测序策略

技术路线
生物信息分析流程及部分结果展示
 

生物信息分析流程

    属水平优势物种相对丰度组成柱状图                     PCoA分析         差异物种分析

                                                                                           

    CCA/RDA分析           Network相关性分析        疾病诊断模型构建

                                                                                                                                                            

 

应用领域

16S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品中的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/ITS的目标区域(高变区),通过检测目标区域的序列变异和丰度,以探究环境微生物的多样性及群落组成差异。此产品目前已广泛应用于以下领域:

1. 医学领域:疾病与人体微生物间关系,如代谢类疾病、消化类疾病、自身免疫性疾病、肿瘤癌症、神经类疾病及其他疾病等;

2. 畜牧领域:肠道、瘤胃等微生物群落与动物繁殖、生长发育、营养健康、免疫和疾病治疗等的互作关系;

3. 农业领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等;

4. 环境领域:某一特定环境(雾霾、沙尘等污染环境,住宅、商场等生活环境)的微生物群落组成,有机肥发酵处理、污水治理、石油降解、水体及海洋环境等微生物群落分布和组成等;

5. 特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究。