16S rRNA基因存在于所有细菌的基因组中，是细菌编码rRNA相对应的DNA序列，其高度的保守性和特异性是细菌进化的“分子尺标”。16S rDNA测序是指对环境样品中的16S rRNA基因高变区进行PCR扩增及高通量测序的一种技术，广泛应用于样本中微生物群落的快速鉴定。
在真核生物rDNA中，18S rDNA和28S rDNA转录间隔序列称为ITS，位于18S和5.8S之间的为ITS1区，位于5.8S和28S之间的为ITS2区。18S、5.8S和28S的基因序列在大多数生物中趋于保守，物种间变化小，而转录间隔区ITS1和ITS2作为非转录区，在进化过程中承受的自然选择压力较小，能容忍更多的变异，在绝大多数的真核生物中表现出了极为广泛的序列多态性，可用于真菌分类鉴定。
测序平台与策略
采用Illumina测序平台，PE250的测序策略
技术路线
生物信息分析流程及部分结果展示
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生物信息分析流程
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| 属水平优势物种相对丰度组成柱状图 | PCoA分析 | 差异物种分析 |
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| CCA/RDA分析 | Network相关性分析 | 疾病诊断模型构建 |
应用领域
16S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品中的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/ITS的目标区域（高变区），通过检测目标区域的序列变异和丰度，以探究环境微生物的多样性及群落组成差异。此产品目前已广泛应用于以下领域：
1. 医学领域：疾病与人体微生物间关系，如代谢类疾病、消化类疾病、自身免疫性疾病、肿瘤癌症、神经类疾病及其他疾病等；
2. 畜牧领域：肠道、瘤胃等微生物群落与动物繁殖、生长发育、营养健康、免疫和疾病治疗等的互作关系；
3. 农业领域：根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等；
4. 环境领域：某一特定环境（雾霾、沙尘等污染环境，住宅、商场等生活环境）的微生物群落组成，有机肥发酵处理、污水治理、石油降解、水体及海洋环境等微生物群落分布和组成等；
5. 特殊极端环境：极端环境条件下的微生物类群研究。
