16S rRNA基因存在于所有细菌的基因组中，是细菌编码rRNA相对应的DNA序列，其高度的保守性和特异性是细菌进化的“分子尺标”。16S rDNA测序是指对环境样品中的16S rRNA基因高变区进行PCR扩增及高通量测序的一种技术，广泛应用于样本中微生物群落的快速鉴定。

在真核生物rDNA中，18S rDNA和28S rDNA转录间隔序列称为ITS，位于18S和5.8S之间的为ITS1区，位于5.8S和28S之间的为ITS2区。18S、5.8S和28S的基因序列在大多数生物中趋于保守，物种间变化小，而转录间隔区ITS1和ITS2作为非转录区，在进化过程中承受的自然选择压力较小，能容忍更多的变异，在绝大多数的真核生物中表现出了极为广泛的序列多态性，可用于真菌分类鉴定。