16S rDNA是细菌编码16S rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌的基因组中。该基因序列足够长（包含约50个功能域），且具有高度的保守性和特异性。16s rDNA微生物多样性测序基于可变区序列进行测序，主要用于鉴定环境中的微生物多样性和微生物群落组成。
在真核生物基因中，18S rDNA和28S rDNA基因间隔序列称为（ITS），位于18S和5.8S之间的为ITS1区，位于5.8S和28S之间的为ITS2区。核糖体DNA中的18S、5.8S和28S的基因组序列在大多数生物中趋于保守，在生物种间变化小，而内转录间隔区ITS1和ITS2作为非编码区，承受的选择压力较小，相对变化较大，可用于真菌分类鉴定