细菌基因组测序

微生物基因组相对较小,通过高通量测序了解其全部遗传信息已经成为微生物研究的重要组成部分。通过高通量测序和专业的信息分析,能够了解某物种基因组各功能元件,对基因功能进行分类,鉴定未知功能基因,并比较物种间的进化关系。

测序平台与策略

项目类型

测序平台与策略

承诺指标

细菌框架图

Illumina Hiseq PE150,500bp 小片段文库

测序深度不低于100X

细菌完成图

Pacbio RS II ,10Kbp文库

≤3Gap

测序深度不低于50X

细菌重测序

Illumina Hiseq PE150,500bp 小片段文库

测序深度不低于100X

技术线路
分析内容及分析图展示(部分)

细菌框架图

标准信息分析内容

1、数据质控及产出统计

2、基因组组装及情况评估

3、基因组组分分析:基因结构预测、重复序列、非编码RNA

4、基因功能注释:NR、GO 、COG 、 KEGG、SwissProt、CAZy、ARDB

细菌完成图(PacBio)

标准信息分析内容

1、数据质控及产出统计

2、基因组组装及情况评估

3、基因组组分分析:基因结构预测、重复序列、非编码RNA

4、基因功能注释:NR、GO、COG 、 KEGG、SwissProt、CAZy、ARDB

5、甲基化位点检测:4-mC、5-mC、6-mA

6、甲基化修饰图谱构建

细菌重测序

标准信息分析内容

1、数据质控及产出统计

2、基因组组装
3、基因组情况评估
3、组装结果与参考基因组比对
4、SNP检测及注释
5、InDel检测及注释

高级分析 

分析内容 

特色数据库注释

PHI、VFDB、细胞色素P450、次级代谢产物合成基因簇注释

比较基因组学分析1

SNP分析、Indel 分析、Ka/Ks进化压力分析、共线性分析

比较基因组学分析2

Core-Pan genome分析、系统发育树构建

可视化展示

可视化结果展示图

  • 下机数据(左)长度及(右)质量值统计

  • 样品基因圈图

技术优势
  • 项目经验丰富

    文章产出量高

  • 实验技术成熟

    分析方法合理

  • 分析内容全面

    紧跟国际研究前沿

  • 图片展示精美

    备受主流期刊青睐