真菌基因组测序

真菌属于较低等的真核生物,基因组大小10M~150M不等,第二代高通量测序技术的成熟,为真菌的研究提供了强有力的支撑,可用于预测真菌的重要基因和蛋白,了解其功能和机制。

测序平台与策略

建库测序策略 

真菌survey

500bp小片段文库,Illumina HiSeqPE150,100X

真菌框架图

500bp 小片段文库,Illumina HiseqPE150, 100X

真菌精细图

PacBio测序,70X以上

真菌重测序

500bp 小片段文库,Illumina HiseqPE150,50X

技术线路
分析内容及分析图展示(部分)

真菌survey

标准信息分析内容

1.数据质控及产出统计

2.基因组初步组装 

3.基因组情况评估

真菌框架图

标准信息分析内容

1.数据质控及产出统计

2.基因组组装与评估

3.基因组组分分析:基因结构预测、重复序列、非编码 RNA

4.基因功能注释:NR、GO、KOG、KEGG、SwissProt、CAZy、ARDB

真菌精细图(PacBio)

标准信息分析内容

1.数据质控及产出统计

2.基因组高级组装及情况评估

3.基因组组分分析:基因结构预测、重复序列、非编码 RNA

4.基因功能注释:NR、GO、KOG 、KEGG、SwissProt

高级分析

分析内容

特色数据库注释

PHI、CAZy、P450、VFDB、ARDB次级代谢产物合成基因簇注释

比较基因组学分析1

SNP分析、Indel 分析、Ka/Ks进化压力分析

比较基因组学分析2

基因家族分析、系统发育树构建

真菌重测序

标准信息分析内容

1.数据质控及产出统计

2.reads比对参考基因组

3.SNP、InDel检测及注释

  • 样品FU与参考序列比对点阵图

  • 样品FU与参考序列分析,基因Ka/Ks分布情况。

技术优势
  • 项目经验丰富

    文章产出量高

  • 实验技术成熟

    分析方法合理

  • 分析内容全面

    紧跟国际研究前沿

  • 图片展示精美

    备受主流期刊青睐