2019-09-24浏览量:435

【工具贴】iPath3通路展示(二)

上次讲解了iPath3的一部分功能,回顾详情请戳——>【工具贴】iPath3 通路展示(一),今天再展示一些其它的功能:单独搜索、合并检索、iPath账户记录

 

单独搜索

例如在搜索框中输入phosphate,可在搜索结果框中显示所有匹配结果,可根据Hits个数进行排序,也可在Filter框中进行过滤,点击列表中的任意一行,即可在主图中显示相关的通路信息,可在“Highlight color”中设置显示的颜色,如果想取消颜色显示,点击“Clear highlights”即可。

点击所选行右侧的加号,可将其添加至Customize中,之后可进行参数修改并保存。

可被识别的搜索标识符主要有

  • Compounds

  • Pathways

  • Orthologous groups

  • Modules

  • Enzymes

  • Reactions

 

合并检索

ipath提供了去重功能,在“Tools”中有多个工具框,如“ID overlap”可支持检索的列表中含有相同ID,其具有去除重复的功能,我们还可以点击右侧的参数设置按钮,进行个性化设置,比如独有ID的颜色、共有ID的颜色、线的宽度、透明度,以及进行检索的通路图。

两个列表中分别输入10个KO,其中有4个重复,点击按钮,进行检索,然后在主页面中显示检索内容,可以看到检索的ID个数减少了4个,且共有ID显示为青色。

此外,iPath还可以对比不同物种之间共有及特有KO,但是物种检索名称必须为KEGG中物种的名称或者NCBI中数值型分类ID(如下图),同样,也可以进行个性化参数设置,然后提交。

 

 

iPath账户记录

1. 可以在iPath中创建一个账户,将分组放在不同的项目中,这些项目可以被安排到不同的工作空间中,并从任何浏览器访问它们。单击右上角的“Login”或“Register”,进行登录或注册。

 

2. 点击右上角的下箭头可以添加项目、工作区域。

 

3. 对于我们已经设定标签的检索,可以点击按钮,将其保存在已设定的工作空间以及项目中。

 

4. 保存后,可以通过鼠标拖动改变储存的工作空间及项目,还可以点击右侧按钮进行编辑。

 

5. 帐户中的任何元素选择都可以通过一个特殊的URL来共享,这个URL可以通过弹出的“Share selection”来访问。

或者,可以共享完整的项目。在项目选项中使用“Toogle project sharing”功能来改变共享状态。共享项目将在标题前面显示共享图标

 

6. 将您的登录ID发送给您的合作者,他们可以将其输入到“Share”框中,以查看所有共享项目。他们将能够保存元素选择,但不能进行修改或删除。


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