2019-09-11浏览量:293

『小技能分享』久等啦~QIIME2的安装教程奉上!

QIIME

QIIME是一个开源的生物信息学管道,用于从原始DNA测序数据中进行微生物组分析。


QIIME2

QIIME2是QIIME1的一个完整的重新设计和重写,解决了QIIME1的许多限制。

 

 

我们之前介绍了qiime1的安装,详情戳→『小技能分享』QIIME1安装教程奉上,请查阅!这里继续介绍qiime2的安装。qiime2的安装与qiime1类似,都可以通过安装Miniconda来进行qiime2的安装。


1、安装Miniconda

01下载最新版miniconda3

wget -b https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

 

02运行安装程序

sh ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

 

 

按提示操作:回车查看许可协议,空格翻页,输入yes同意许可;

 


默认安装目录为你的家目录下~/miniconda3目录,可输入安装目录或回车按默认安装;


 

安装结束时提示是否添加至你的环境变量~/.bashrc,这里选择no。原因:选yes可直接将conda3环境加入环境变量的最高优先级,使用方便,但python3变为默认环境,破坏之前依赖的python2的软件环境。选择no不添加保证之前软件安装环境不变,但运行conda及相关程序时,需要运行一条命令临时添加$miniconda3/bin/目录至环境变量。

 

如果同意添加环境变量,完成后关闭当前终端,新打开一个终端继续操作才能生效。

 

03将conda临时添加环境变量

export PATH=$miniconda3/bin:$PATH

 

04升级conda为最新版,新版的bug最少,碰到问题的机会也少

conda update conda

miniconda安装成功后进行QIIME的安装。

  

2、下载并安装qiime2

(1)下载qiime2软件安装列表

wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.4-py36-linux-conda.yml

 


(2)创建虚拟环境并安装qiime2

conda env create -n qiime2-2019.4 --file qiime2-2019.4-py36-linux-conda.yml

 

 

数据包未安装成功的重新运行可再次安装,或自己下载数据包。

 

 

下载安装所有的依赖包,在国内bioconda下载较大的数据包时,经常会断,导致安装失败,可以自己先下载好数据包,这样可以加快安装速度。下载的包放到./miniconda3/pkgs/ 目录下,并补充./miniconda3/pkgs/urls.txt,这样安装的时候会自动跳过这些安装包的下载。

 

3、激活工作环境并测试是否安装成功

conda activate qiime2-2019.4 # 激活工作环境

qiime --help # 检测是否安装成功,弹出程序帮助即成功

conda deactivate # 关闭工作环境

QIIME运行成功,显示如下信息:

 


4、在使用Miniconda安装之后,任何时候您想使用QIIME,都需要source命令重新激活环境

conda activate qiime2-2019.4

 

5、要退出虚拟环境,只需运行deactivate命令

source deactivate

 

参考QIIME2官网安装说明:

https://docs.qiime2.org/2019.4/install/native/#install-qiime-2-within-a-conda-environment

 

今日份干货分享就到此结束了,下期我们来介绍下qiime2的使用,通过16S的分析实例来了解qiime2的使用,敬请期待!


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