2019-09-02浏览量:453

【工具贴】iPath3 通路展示(一)

iPath(interactive Pathways Explorer)是一款可视化的通路图在线分析工具。可以使用KEGG KOs、COGs、EC号等来改变代谢通路的颜色、宽度和不透明度。iPath中的所有映射都可以很容易地转换为各种位图和矢量图形格式,以便轻松地保存在文档中或进行下一步的处理。

其官网为https://pathways.embl.de/

 

iPath 3.0版本提供四种不同的全局概览图:

 

 

1. Metabolic pathways(代谢途径)

2. Biosynthesis of secondary metabolites(次生代谢产物的生物合成)

3. Biosynthesis of antibiotics (抗生素的生物合成)

4. Microbial metabolism in diverse environments(不同环境下的微生物代谢)

 

iPath中点表示各种化合物,线表示一系列酶反应。可用于各种特定反应的可视化,并且可手动创建通路图。下图是iPath的用户界面的主要部分:

 

 

1.主图显示当前选中的地图。使用左上角的图标来缩放,或者使用鼠标滚轮进行缩放移动。

2.通路图选择菜单,可实现iPath中可用的各种通路图之间切换。

3.缩放控件。你也可以通过使用鼠标滚轮来改变缩放级别。

4.通路图搜索按钮。

5.自定义图形展示参数。

6.选择保存。任何保存的选择都可以被恢复或永久保存。

7.详细信息。单击通路图的任何元素以查看相关数据的详细信息。

 

Customize它提供所有可用的自定义选项。

1、如果想显示某个通路信息,如map00010,可将其输入至Element selection中,然后单击“Submit data”,即可显示关注的通路。

 

 

map默认使用红色,如需调整可点击红色区域,即可出现颜色选择窗口,选择合适颜色,单击确定。

 

 

2、如果想显示多个通路或化合物。将需在通路图中显示的各个元素及其相应的自定义的参数(即通路图中的每个节点和边都有与之相关联的各种类型的数据)输入“Element selection”中。

 

 

也可点击“Show advanced options”按钮显示隐藏选项中的“Upload selection file”,将各个元素及其相应的自定义的参数的文件导入。元素的每一行必须以ID开头,其后跟一个或多个自定义参数,目前可支持多种类型的ID类型。

 

 

示例如下:

C00001 #0000ff W20 0.5

K01001 #00ffff

R01148 #ff0000 W10


三种自定义参数分别是:

颜色:可以是指定的十六进制、RGB或CMYK的符号(如#ff0000, RGB(255,0,0)或CMYK(0,100,100,0));

宽度:W后跟一个数字,用于定义节点半径的或线的宽度;

透明度:0(完全透明)和1(完全不透明)之间的数字。

 

1.设置参数后,点击“Submit data”,在“SELECTION MATCH STATTISTICS”输出框中显示匹配的相关信息,同时可以看到导入ID的通路按照定义的方式显示,其它的通路则变成灰色。可通过通路图左上角的“平移和缩放控件”移动或放大缩小通路图来查看信息。

 

注:C00001将被着色为蓝色(0000ff),半透明(不透明度为0.5),并且有宽度/半径20 px(W20)。K00824相关联的元素将被着色为青色(00ffff),完全不透明并使用默认宽度。与R09112相关联的元素将被着色为红色(ff0000),完全不透明,并且有宽度/半径10 px(W10)。

 

 

如图所示,点击红色区域的任意处,可显示与R01148相关的各种信息。

 

2.当然还有其他参数设置,如默认节点半径,线的宽度背景颜色,还可选择显示查询ID的全部pathways及modules。


 

可以利用“Selection saving”设置标题(如图中设置的标题test1),同时所有参数将存储在服务器上。在提交选择元素后,可通过“Saved selections”标签进行访问。

 

3.对于设置的标签文件,我们可以通过点击图标来添加到时间序列中,进而通过下方的按钮进行播放,暂停或终止,以及清除播放序列。“Duration”为播放时间,以秒为单位。

 


4.图形的输出保存

使用“Export”对检索的到的通路相关元素进行保存,图片的保存可支持多种格式,png、eps、pdf、svg。

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