iPath（interactive Pathways Explorer）是一款可视化的通路图在线分析工具。可以使用KEGG KOs、COGs、EC号等来改变代谢通路的颜色、宽度和不透明度。iPath中的所有映射都可以很容易地转换为各种位图和矢量图形格式，以便轻松地保存在文档中或进行下一步的处理。

其官网为https://pathways.embl.de/

 

iPath 3.0版本提供四种不同的全局概览图：

 

 

1. Metabolic pathways（代谢途径）

2. Biosynthesis of secondary metabolites（次生代谢产物的生物合成）

3. Biosynthesis of antibiotics （抗生素的生物合成）

4. Microbial metabolism in diverse environments（不同环境下的微生物代谢）

 

iPath中点表示各种化合物，线表示一系列酶反应。可用于各种特定反应的可视化，并且可手动创建通路图。下图是iPath的用户界面的主要部分：

 

 

1．主图显示当前选中的地图。使用左上角的图标来缩放，或者使用鼠标滚轮进行缩放移动。

2．通路图选择菜单，可实现iPath中可用的各种通路图之间切换。

3．缩放控件。你也可以通过使用鼠标滚轮来改变缩放级别。

4．通路图搜索按钮。

5．自定义图形展示参数。

6．选择保存。任何保存的选择都可以被恢复或永久保存。

7．详细信息。单击通路图的任何元素以查看相关数据的详细信息。

 

Customize它提供所有可用的自定义选项。

1、如果想显示某个通路信息，如map00010，可将其输入至Element selection中，然后单击“Submit data”，即可显示关注的通路。

 

 

map默认使用红色，如需调整可点击红色区域，即可出现颜色选择窗口，选择合适颜色，单击确定。

 

 

2、如果想显示多个通路或化合物。将需在通路图中显示的各个元素及其相应的自定义的参数（即通路图中的每个节点和边都有与之相关联的各种类型的数据）输入“Element selection”中。

 

 

也可点击“Show advanced options”按钮显示隐藏选项中的“Upload selection file”，将各个元素及其相应的自定义的参数的文件导入。元素的每一行必须以ID开头，其后跟一个或多个自定义参数，目前可支持多种类型的ID类型。

 

 

示例如下：

C00001 #0000ff W20 0.5

K01001 #00ffff

R01148 #ff0000 W10

三种自定义参数分别是：

颜色：可以是指定的十六进制、RGB或CMYK的符号（如#ff0000, RGB(255,0,0)或CMYK(0,100,100,0)）；

宽度：W后跟一个数字，用于定义节点半径的或线的宽度；

透明度：0（完全透明）和1（完全不透明）之间的数字。

 

1.设置参数后，点击“Submit data”，在“SELECTION MATCH STATTISTICS”输出框中显示匹配的相关信息，同时可以看到导入ID的通路按照定义的方式显示，其它的通路则变成灰色。可通过通路图左上角的“平移和缩放控件”移动或放大缩小通路图来查看信息。

 

注：C00001将被着色为蓝色（0000ff），半透明（不透明度为0.5），并且有宽度/半径20 px（W20）。K00824相关联的元素将被着色为青色（00ffff），完全不透明并使用默认宽度。与R09112相关联的元素将被着色为红色（ff0000），完全不透明，并且有宽度/半径10 px（W10）。

 

 

如图所示，点击红色区域的任意处，可显示与R01148相关的各种信息。

 

2.当然还有其他参数设置，如默认节点半径，线的宽度背景颜色，还可选择显示查询ID的全部pathways及modules。

 

可以利用“Selection saving”设置标题（如图中设置的标题test1），同时所有参数将存储在服务器上。在提交选择元素后，可通过“Saved selections”标签进行访问。

 

3.对于设置的标签文件，我们可以通过点击图标来添加到时间序列中，进而通过下方的按钮进行播放，暂停或终止，以及清除播放序列。“Duration”为播放时间，以秒为单位。

 

4.图形的输出保存

使用“Export”对检索的到的通路相关元素进行保存，图片的保存可支持多种格式，png、eps、pdf、svg。