2019-07-23浏览量:969

『小技能分享』QIIME1安装教程奉上,请查阅!

QIIME是一个开源的生物信息学管道,用于从原始DNA测序数据中进行微生物组分析。QIIME旨在从Illumina或其他平台生成的原始测序数据中获取高质量的图形和统计数据,包括质量过滤、OTU聚类、OTU注释以及多样性分析和可视化。

 

QIIME是一个流水线的管道结构依赖很多软件和包,因此安装比较麻烦。

 

 

Windows系统通过安装QIIME虚拟机(QIIME VirtualBox),在Ubuntu Linux虚拟机中提供功能完整的QIIME安装来解决这个安装困难。

 

 

这里我们主要介绍在Linux系统的安装。


1、安装Miniconda

Miniconda是一个Python发行版、包管理器和虚拟环境解决方案。虽然QIIME 1是Python 2软件,但我们建议使用Python 3 (miniconda3)安装Miniconda,因为许多生物信息学软件包现在都在向Python 3过渡。在创建新环境时,仍然可以通过传递Python=2.7标志来使用miniconda3安装Python 2软件;否则,Python的默认版本将是python3。

 

(1)下载最新版miniconda3

wget -b https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

 

(2) 运行安装程序

sh ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

 


按提示操作:回车查看许可协议,空格翻页,输入yes同意许可;

 

 

默认安装目录为你的家目录下~/miniconda3目录,可输入安装目录或回车按默认安装;

 

 

安装结束时提示是否添加至你的环境变量~/.bashrc,这里选择no。原因:选yes可直接将conda3环境加入环境变量的最高优先级,使用方便,但python3变为默认环境,破坏之前依赖的python2的软件环境。选择no不添加保证之前软件安装环境不变,但运行conda及相关程序时,需要运行一条命令临时添加$miniconda3/bin/目录至环境变量。

如果同意添加环境变量,完成后关闭当前终端,新打开一个终端继续操作才能生效。

 

(3)将conda临时添加环境变量

export PATH=$miniconda3/bin:$PATH

 

(4)升级conda为最新版,新版的bug最少,碰到问题的机会也少

conda update conda

miniconda安装成功后进行QIIME的安装。

 

2、创建qiime1环境并安装QIIME

conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda

1) qiime1为conda安装环境

2) 因为安装的时Miniconda3,所以默认python版本为3,这里指定安装的python版本为2.7

3) 指定matplotlib版本matplotlib=1.4.3,默认安装最高版本

4) 安装过程种会从anaconda或bioconda下载三方数据包,网址如下:

https://conda.anaconda.org/bioconda/linux-64/

https://repo.continuum.io/pkgs/free/linux-64/

 

注意:在国内bioconda下载较大的数据包时,经常会断,导致安装失败,可以自己先下载好需要从bioconda下载的数据包,这样也可以加快安装速度。下载的包放到./miniconda3/pkgs/目录下,并补充./miniconda3/pkgs/urls.txt,这样安装的时候就会自动跳过这些安装包的下载。

 

 

输入y同意安装数据包,数据包未成功安装的重新运行可以再次安装。

 


3、激活qiime1环境和测试QIIME是否安装成功

source activate qiime1 #激活安装环境

print_qiime_config.py -t #检查是否安装成功

 

QIIME运行成功,显示如下信息:

 


4、在使用Miniconda安装之后,任何时候您想使用QIIME,都需要使用这个命令重新激活qiime1环境

source activate qiime1

 

 

5、要退出虚拟环境,只需运行deactivate命令

source deactivate

 

参考QIIME官网安装说明:

http://qiime.org/install/install.html#using-qiime-after-installation-with-miniconda

 

亲们,

今日份的干货分享就到此结束啦!

QIIME2安装教程, 

期待下期精彩推送~ 

小伙伴们,

想加点能量,充点电的,

就来锐翌暑期大课堂吧~

 

下一篇

版权所有 上海锐翌生物科技有限公司 沪ICP备16022951号