QIIME是一个开源的生物信息学管道，用于从原始DNA测序数据中进行微生物组分析。QIIME旨在从Illumina或其他平台生成的原始测序数据中获取高质量的图形和统计数据，包括质量过滤、OTU聚类、OTU注释以及多样性分析和可视化。
QIIME是一个流水线的管道结构依赖很多软件和包，因此安装比较麻烦。
Windows系统通过安装QIIME虚拟机（QIIME VirtualBox），在Ubuntu Linux虚拟机中提供功能完整的QIIME安装来解决这个安装困难。
这里我们主要介绍在Linux系统的安装。
1、安装Miniconda
Miniconda是一个Python发行版、包管理器和虚拟环境解决方案。虽然QIIME 1是Python 2软件，但我们建议使用Python 3 (miniconda3)安装Miniconda，因为许多生物信息学软件包现在都在向Python 3过渡。在创建新环境时，仍然可以通过传递Python=2.7标志来使用miniconda3安装Python 2软件；否则，Python的默认版本将是python3。
（1）下载最新版miniconda3
wget -b https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
（2） 运行安装程序
sh ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
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按提示操作：回车查看许可协议，空格翻页，输入yes同意许可；
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默认安装目录为你的家目录下~/miniconda3目录，可输入安装目录或回车按默认安装；
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安装结束时提示是否添加至你的环境变量~/.bashrc，这里选择no。原因：选yes可直接将conda3环境加入环境变量的最高优先级，使用方便，但python3变为默认环境，破坏之前依赖的python2的软件环境。选择no不添加保证之前软件安装环境不变，但运行conda及相关程序时，需要运行一条命令临时添加$miniconda3/bin/目录至环境变量。
如果同意添加环境变量，完成后关闭当前终端，新打开一个终端继续操作才能生效。
（3）将conda临时添加环境变量
export PATH=$miniconda3/bin:$PATH
（4）升级conda为最新版，新版的bug最少，碰到问题的机会也少
conda update conda
miniconda安装成功后进行QIIME的安装。
2、创建qiime1环境并安装QIIME
conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda
1) qiime1为conda安装环境
2) 因为安装的时Miniconda3，所以默认python版本为3，这里指定安装的python版本为2.7
3) 指定matplotlib版本matplotlib=1.4.3，默认安装最高版本
4) 安装过程种会从anaconda或bioconda下载三方数据包，网址如下：
https://conda.anaconda.org/bioconda/linux-64/
https://repo.continuum.io/pkgs/free/linux-64/
注意：在国内bioconda下载较大的数据包时，经常会断，导致安装失败，可以自己先下载好需要从bioconda下载的数据包，这样也可以加快安装速度。下载的包放到./miniconda3/pkgs/目录下，并补充./miniconda3/pkgs/urls.txt，这样安装的时候就会自动跳过这些安装包的下载。
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输入y同意安装数据包，数据包未成功安装的重新运行可以再次安装。
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3、激活qiime1环境和测试QIIME是否安装成功
source activate qiime1 #激活安装环境
print_qiime_config.py -t #检查是否安装成功
QIIME运行成功，显示如下信息：
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4、在使用Miniconda安装之后，任何时候您想使用QIIME，都需要使用这个命令重新激活qiime1环境
source activate qiime1
5、要退出虚拟环境，只需运行deactivate命令
source deactivate
参考QIIME官网安装说明：
http://qiime.org/install/install.html#using-qiime-after-installation-with-miniconda
亲们，
今日份的干货分享就到此结束啦！
QIIME2安装教程，
期待下期精彩推送~
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