2019-05-28浏览量:374

定制个人专属的BLAST,就靠它了!

如今关于BLAST可谓是“强大的BLAST千篇一律,有趣的却是万里挑一”,在使用过NCBI提供的在线版BLAST之后,于是就萌发了定制专属BLAST的想法,经过多番尝试,最终发现了这款强大到不用自己设置各类参数就可以使用的BLAST——sequenceserver!

 

 

sequenceserver是一款能够帮助用户快速安装BLAST+并将其整合到本地网络中,供用户个人及其团队使用的软件,在安装过程中它有以下几个优点:

 

1. 在安装过程中可以自动识别BLAST版本,如果版本有误,则会自动下载合适的版本。

2. 在建库过程中,能够自动识别BLAST数据库中文件的类型,并在搜索界面中列出这些文件。安装需要Ruby (>=1.8.7)、 RubyGems (>=1.3.6)、 NCBI BLAST+ (>=2.2.25+)。

3. 在建库时,能够自动识别FASTA文件的序列类型,并提示将其转换为BLAST数据库。

4. 内置web服务器,适用于轻度到中等用途,如果需要,还可以与apache/nginx集成。

 

在使用时有以下几个优点:

 

1. 用户可以无需添加任何参数,在输入待比对的序列,选择要比对的物种之后即可使用,软件会自动为给定查询和所选数据库确定适当的BLAST方法。

2. 用户可以像在命令行中一样使用高级参数:-evalue 1.0e-10 -max_target_seqs 10。

3. 生成结果将会根据evalue区别分开。

4. 提供下载FASTA格式的命中序列,以制表符分隔和XML格式的对齐数据进行进一步分析。

 

 

sequenceserver安装

在sequenceserver的官网包含有关于安装sequenceserver的说明文档,其安装要求极为简单,对不同操作系统的要求几乎都是一样的,即:Ruby≥1.8.7,NCBI BLAST+(2.231+)。针对Ubuntu和Debian操作系统,还需安装有关Ruby的其它组件。在sequenceserver所需的环境构架好之后,直接安装即可:sudo gem install sequenceserver。但是,经过反复试验之后,发现在安装过程中,并非如此简单,以下,则是目前测试过后最为准确的版本。

在安装之前,首先要清楚sequenceserver安装在什么位置,如过是按照系统默认安装,其安装目录一般在“/var/lib/gems/2.3.0/gems/”之下。

 

1、环境的构架。安装Ruby (>=1.8.7)、RubyGems (>=1.3.6)、NCBI BLAST+ (>=2.2.25+)。

$sudo apt-get install ruby

$sudo apt-get install gem

$sudo apt-get install ruby-dev

$sudo apt-get install ncbi-blast+

以上的步骤必须依次进行,如果次序出现问题,会导致环境无法关联。

 

2、安装sequenceserver。

$sudo gem install sequenceserver

 

3、sequenceserver建库前的准备。在登陆节点查看sequenceserver的配置文件.sequenceserver.conf,并在其中输入sequenceserver的库的绝对路径,保存并退出。

 

4、建库。在确定好库的位置后,直接输入sequenceserver,接下来按照默认设置操作;后期如果还有新文件要加入,直接将文件拖入指定的文件夹,等待软件自动识别,重新建库即可。


至此,sequenceserver安装完毕!

 

但是,在数据量大的情况下,物种的列表将会无限增加,一一罗列出来,增加页面的长度,同时,没有进行分类的数据会给使用者带来极大的麻烦,为此,http://lepbase.org为此做了一个很好的示范,他们通过优化Ruby代码,创新地在其中嵌入jstree组件,既将数据进行了统一的分类,又将页面变得更加简洁,功能更佳完善,该网站已经将源码公布在github上,其效果如下:

 

 

而在网站http://planmine.mpi-cbg.de/planmine/begin.do中,他们则是以进化树的形式,将所有序列展示出来,以供用户使用,其效果如下:

 

 

总之,萝卜青菜各有所爱,总有一款展示界面适合你自己!

 

 

参考文献:https://www.sequenceserver.com/


下一篇

版权所有 上海锐翌生物科技有限公司 沪ICP备16022951号