2019-05-16浏览量:607

如何绘制绚丽2D/3D的PCA图?几行代码即可

PCA分析是微生物菌群中常用的分析手段之一,但大部分的分析软件只能展示2维图。

 

 

不着急呢,R语言中pca3d包能帮你快速制作2D和3D的PCA图,一个包帮你解决PCA分析。

 

 

下面用详细代码教你分析步骤:

#安装相关包

install.packages("rgl")

install.packages("pca3d")

 

#加载包

library(rgl)

library(pca3d)

 

#载入自带的测试数据

data(metabo)  #数据是三组个体血清代谢产物的相对丰度

dim(metabo)   #数据集包含136行和424列

 

 

table(metabo[,1])  #展示分组信息

## NEG  POS   TB

##   46     46   44

 

#开始PCA analysis

pca <- prcomp( metabo[,-1], scale.=TRUE)  #数据选用所有的行及除第一列的数据(第一列为分组信息)

 

#制作2D的PCA图

pca2d( pca, group= metabo[,1] )

 

 

#制作3D的PCA图

pca3d( pca, group= metabo[,1] )

 

 

##同时3D的PCA图通过点击鼠标可以进行翻转等不同平面的操作

 

 

##3D的PCA图增加椭圆

pca3d(pca, group=gr, show.ellipses=TRUE,

ellipse.ci=0.75, show.plane=FALSE)

 

 

##3D的PCA可以通过改变背景,线图及点的方式呈现更加绚丽的图片

pca3d( pca, group= metabo[,1],

    fancy= TRUE, bg= "black",

    show.group.labels=TRUE,

axes.color= "white", new= TRUE )

 

 

在微生物菌群分析中,PCA分析是我们必不可少的分析内容,R语言pca3d包能简单快速的帮我们制作2D,3D的PCA绚丽图片。

 

 

掌握pca3d包,

制作绚丽2D/3D图片!

更多干货,敬请期待!

Bye~Bye~

 

 

 

 

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