2019-04-09浏览量:742

【分析升级】STAMP 分析神器升级啦!!!

STAMP

STAMP一个用于分析分类学或代谢概况的软件包,不仅可以统计,还可以作图,通过比较组间物种或代谢通路丰度,获得显著性差异特征以及该特征更趋向何种环境条件下的样品。

此次升级主要是针对STAMP软件在分析时不能连续操作的bug进行了自主创新,可以大大增加分析速度,提高分析的效率,只需一条命令,就可以输出您想要的图形。下面就看看效果吧:

两组作图:


三组作图:

图注:左图为STAMP软件绘制pca图,右图为利用R作图。

在输出图形的同时,可输出每个样本在不同成分中的具体位置值。

图注:上图为STAMP软件绘制差异图,下图为利用R作图。

还可直接输出差异物种或差异代谢通路的p值,q值,置信区间的文件列表。

此外,我们可以根据客户的需要自定义设置颜色,或者与项目基础分析中颜色保持一致。如下:

AAAS(American Association for the Advancement of Science)杂志的配色方案

JCO(Clinical Oncology)杂志配色方案

配对样本配色方案

画图如此简单,那就快快行动起来


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