2019-03-27浏览量:1016

【分析升级】扩增子物种注释数据库补充升级

扩增子测序数据分析最主要的一个过程就是数据库的比对,将测序序列与物种数据库比对,得到物种的注释信息。

RDP数据库全称”RibosomalDatabase Project”是小锐目前使用的扩增子物种注释数据库。

官网:http://rdp.cme.msu.edu/

RDP数据库简介

RDP数据库是目前分析16S rRNA扩增子测序数据分析的主流工具之一,其操作相对简单,生物分类更加规范化。RDP数据库提供质控、比对、注释细菌、古菌16S rRNA基因和真菌28S rRNA基因序列。目前其数据库最新版本为RDP Release 11.5,于2016年9月30日更新。数据库包含3,356,809条比对、注释的原核16S rRNA基因序列和125,525条真菌28S rRNA基因序列。其数据库介绍文章《Ribosomal Database Project: data and tools for high throughput rRNA analysis》被引1538次,多次出现在优秀的NCS学术文章中。为了满足科研需求,小锐对扩增子数据库进行了补充升级,增加了SILVA数据库、eHOMD数据库,以及将其物种注释结果应用于阴道菌群的个性化种水平层面的分析。

Silva数据库简介

Silva数据库包含细菌、古菌和真核rRNA基因序列的综合数据库,数据库涵盖了原核和真核微生物的小亚基rRNA基因序列(16S和18S rRNA)和大亚基rRNA(23S和28S rRNA)基因序列。Silva数据库更新比较及时,因此也是目前rRNA基因高通量测序后常用的参考数据库之一。Silva数据库更新频繁,数据库最大最全,但其假阳性较高。目前我们使用的是最新版的SILVA SSU and LSU databases 132。

数据库介绍文献:The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools.

Silva数据库在阴道菌群中的应用

16S注释目前只到属水平,对于特定的阴道菌群,我们利用Silva数据库的乳酸杆菌参考序列进行建模,将乳酸杆菌属注释到种水平。对生殖道样本进行阴道分型分析,阴道分型以阴道样本中的几种微生物作为指示/驱动类群,对样本重新聚类,以降低复杂性。

eHOMD数据库

官网:http://www.homd.org/

eHOMD数据库简介

eHOMD数据库(人类口腔微生物组数据库)为科学界提供有关人类呼吸消化道中存在的细菌物种的全面的信息,包括口腔、咽、鼻腔、鼻窦和食道等。目前,eHOMD包括总共770种微生物物种,687种来自HOMD v14.51,并且根据除口腔外的其他上消化道部位的微生物群的公开数据扩增添加了83个物种。在所有物种中,57%被正式命名,13%未命名但已经成功培养。

数据库介绍文献:

New insights into human nostril microbiome from the expanded Human Oral Microbiome Database (eHOMD): a resource for species-level identification of microbiome data from the aerodigestive tract.

小锐多年来一直致力于做您贴心的科研伙伴,今天为大家献上的是多个物种注释数据库的选择,多种数据库任君选择,更贴近您的科研需求,后续小锐会不遗余力的为各位科研工作者服务,争取满足您更多的科研需求,助力您paper早日发表。

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