2019-03-15浏览量:1560

是时候告诉你,这么详细的原始数据上传教程啦!

文章已经撰写完成,要上传原始数据,可是怎么上传呢?

不要着急,今天小锐就一步一步教您做,不用提前申请BioProject和BioSample账号,轻轻松松上传原始数据。

一步步往下看哟~

第一步:申请NCBI账号

点击网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/ 进入注册页面

之后填写基础注册信息,账号、密码邮箱等等,请注意:尽量不要使用qq邮箱,qq邮箱可能会接收不到NCBI的反馈邮件。注册完成后点击邮件内的网址激活即可。

第二步:数据上传

https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/点击网址后进入数据上传页面。如果未登录需要先登录。点击蓝色按钮”New submission ”,开始上传流程。

1.SUBMITTER 填写提交者个人信息

2.GENERAL  INFO  填写基础信息

如果首次提交或者没有申请Bioproject账号,可选择NO,

未申请BioSample 账号,可选择NO。数据释放时间可选择立即释放或者定制一定的期限。

3.PROJECT  INFO 填写项目信息,未加*号选项均可不填

4.BIOSAMPLE TYPE 填写样品信息,根据实际情况填写样品的类型

5.BIOSAMPLE ATTRIBUTE 填写样品属性信息,下载excel文件,填写样品信息,或者进行在线填写。

Excel文件包含有绿色和黄色的单元格,绿色为必填项,不明确的信息可以使用missing、not collected。

各分类说明

填写完成后,在当前页面选择此文档进行上传即可。

6.METADATA,下载excle文件填写数据相关信息,或在线填写。

根据实际信息,填写样品的数据类型,填写完成后,在当前页面选择此文档进行上传即可。


7.FILES 文件上传,可选择在线传输和Aspera命令传输,前者传输速度比较慢,适合小样本的传输,后者适合多样本的传输,且上传速度较快,建议使用后者。

如果使用在线传输,选中在线传输按钮后,选择文件上传即可。


如果使用Aspera ,需要先安装Aspera插件,https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/

安装完成后(默认安装路径:C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\bin),之后下载Aspera连接NCBI的密码文件aspera.openssh,即下图的key.file。

之后点击“开始”按钮,在搜索框中输入“cmd”,确定

进入Aspera安装路径命令:

cd \Users\Administrator\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\bin

根据命令提示,在命令框中输入以下内容,

例子:ascp –i  F:/upload/software/aspera.openssh  -QT -l100m  -k1 -d  F:/upload/data/

subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/songrx_realbio.cn_j4GsB8OX/SUB5191618/

命令解释:<path/to/key_file>(key文件路径)即F:/upload/software/aspera.openssh

 -QT -l100m (上传最大速度)

-d  <path/to/folder/containing files>(上传数据存放路径)

subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/songrx_realbio.cn_j4GsB8OX(邮箱生成的随机码)

SUB5191618(存在NCBI上的文件夹名称,自定义路径)

 

在例子中使用的的自定义路径为SRA提交账号,方便后续路径的选择和查看,如果未定义路径,则样品上传至根目录下。

上传完成后点击”Select preload  folder”按钮----选中SUB5191618文件,即可查看上传的文件。

8.OVERVIEW 查看,确定目录后,点击”continue”按钮,可查看整体信息,确认无误后,进行提交。


9.审核,提交之后会收到邮件反馈,之后可获得BioProject number和BioSample number。

 

之后进入审核状态,但审核时间可能较长。


 

10.查询

审核通过后,会收到邮件反馈,获得SRA登录号,该账号即可写入文章。

如果数据选择的是立即释放,即可在ncbi中进行查询,获得上传的序列文件。


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