STAMP软件

听说STAMP软件是个十分厉害的角色呢？

是的呢，STAMP软件是一款可以进行组间差异分析的强大软件，可以绘制PCA、差异条形图、热图等。

心动分享begin

1、软件安装。

软件下载地址：

https://github.com/dparks1134/STAMP/releases/download/v2.1.3/STAMP_2_1_3.exe

2、数据准备，STAMP需要以制表符隔开的tsv文件。

物种丰度文件：文件第一行包含每一列的标题，具有层次关系的列在层次结构中必须从高到低排列，如从界到种，在分析的时候可以分别选择各水平丰度表进行分析。或者只包含一个水平的丰度表。

分组文件：分组文件的第一行为标题行，第一列与丰度文件的样本对应，其余列为分组情况。

3、数据导入。

STAMP软件打开界面如下：

按照以下步骤，依次导入丰度文件和分组文件，丰度和分组文件的存放位置不能包含中文。

4、导入后通过选择不同水平的丰度表和分组进行相关分析。

可以任意选择不同水平的丰度表进行分析，若导入的丰度文件只包含一个水平则无需选择。

选择分组，如果导入的分组文件只包含一个分组方案也无需选择。

5、根据分组信息选择多组和两组之间的比较分析，以及统计方法、置信系数及p值矫正选择。

6、进行分析内容的选择，包括6种分析内容：

Bar plot：分别绘制各物种的柱状图。

Box plot：分别绘制各物种的箱线图。

Heatmap plot：绘制热图。

PCA plot：绘制PCA图。

 

点击pca图上的点可以可以出现该点所代表的样本名称，从而对pca图的各别样本点进行删除。

Scatter plot：绘制散点图。

Extended error bar：STAMP特有的误差线图。

以上是STAMP分析涉及到的所有分析内容，请查收。

测试数据下载链接：http://kiwi.cs.dal.ca/Software/images/0/07/Stamp2_examples.zip