2019-02-26浏览量:1956

好嗨哟~强大的STAMP软件绘图不在怕!!!

STAMP软件

听说STAMP软件是个十分厉害的角色呢?

是的呢,STAMP软件是一款可以进行组间差异分析的强大软件,可以绘制PCA、差异条形图、热图等。

心动分享begin

1、软件安装。

软件下载地址:

https://github.com/dparks1134/STAMP/releases/download/v2.1.3/STAMP_2_1_3.exe

2、数据准备,STAMP需要以制表符隔开的tsv文件。

物种丰度文件:文件第一行包含每一列的标题,具有层次关系的列在层次结构中必须从高到低排列,如从界到种,在分析的时候可以分别选择各水平丰度表进行分析。或者只包含一个水平的丰度表。

分组文件:分组文件的第一行为标题行,第一列与丰度文件的样本对应,其余列为分组情况。

3、数据导入。

STAMP软件打开界面如下:

按照以下步骤,依次导入丰度文件和分组文件,丰度和分组文件的存放位置不能包含中文。

4、导入后通过选择不同水平的丰度表和分组进行相关分析。

可以任意选择不同水平的丰度表进行分析,若导入的丰度文件只包含一个水平则无需选择。

选择分组,如果导入的分组文件只包含一个分组方案也无需选择。

5、根据分组信息选择多组和两组之间的比较分析,以及统计方法、置信系数及p值矫正选择。

6、进行分析内容的选择,包括6种分析内容:

Bar plot:分别绘制各物种的柱状图。

Box plot:分别绘制各物种的箱线图。

Heatmap plot:绘制热图。

PCA plot:绘制PCA图。

 

点击pca图上的点可以可以出现该点所代表的样本名称,从而对pca图的各别样本点进行删除。

Scatter plot:绘制散点图。

Extended error bar:STAMP特有的误差线图。

以上是STAMP分析涉及到的所有分析内容,请查收。

测试数据下载链接:http://kiwi.cs.dal.ca/Software/images/0/07/Stamp2_examples.zip

下一篇

版权所有 上海锐翌生物科技有限公司 沪ICP备16022951号