2018-11-21浏览量:160

锐翌基因走进北京大学医学部讲堂 | 满满的学术干货

2018年11月20日,锐翌基因应北京大学医学部的邀请,走进教学讲堂,讲授以《人体微生态检测设备与技术及其应用》为题的课程内容。

课堂中座无虚席,大家聚精会神地听授课知识。课程结束后,围绕授课内容,在座师生与锐翌基因高级技术支持曾老师展开了热烈的讨论。

接下来,小锐带大家一起感受一下

曾老师的课堂风采和学生们的求知欲望

老师的课程主要从人体微生物组研究进展、人体微生物组研究方法、肠道微生物组与疾病的研究和基于肠道微生物组测序的疾病干预四个方面展开。

课/堂/笔/记

列举国内外知名的微生物组计划,它们将微生物组研究推向一个高潮,现阶段是微生物的时代。

讲授微生物研究方法,其由之前的培养、分子生物学技术手段研究发展到现在的高通量测序,测序仪的发展发挥了功不可没的作用,目前测序成本的降低,使得高通量研究微生物得到了飞速发展。

基于高通量测序的研究方法,介绍疾病与菌群研究的方向,包括调查类、研究类、验证类和干预类几个方向,引用高分、有代表性的文献对肠道微生物组与疾病的研究方法进行了详细的阐述。

介绍国内外知名的基于微生物干预治疗疾病的企业,引用微生物干预疾病(如益生菌、粪菌移植等)的文献案例,指明微生物干预防治疾病的前景

有问题,冲我来!

课程结束后,学生们意犹未尽,就课程内容以及其它微生物组相关分析的内容与曾老师进行了热烈的讨论与交流,小锐在现场受益匪浅。特意在此与大家分享一下现场的问题及答案,希望对即将或正在进行微生物组相关研究的您有一定的帮助。

问题1

人体不同部位的微生物组成是否有差异?

答案是肯定的,当然有差异喽,人体不同部位接触的环境和行使的功能都是不同的,比如说皮肤,与外界环境接触较多,易受环境感染,大多是需氧的过路菌,而肠道是个密闭的环境,生存的细菌大多是厌氧的。

 如果您对人提各个部位微生物组成感兴趣,可以参考阅读HMP(Human Microbiome Project)的两篇经典文章。

文献一

Consortium H M P . Structure, function and diversity of the healthy human microbiome.[J]. Nature, 2012, 486(7402):207-14.

文献二:

Lloyd-Price J , Mahurkar A , Rahnavard G , et al. Strains, functions and dynamics in the expanded Human Microbiome Project[J]. Nature.

 问题2

生物学重复,该如何设置?

生物学重复设置的意义:(1)能够消除组内误差,测量变异程度;(2)降低背景误差,增加结果可信度;(3)能检测离群样本,将其排除。

生物学重复一般推荐有效数据至少是5个以上,那么老师设置的数目要大于5个,至少7~8个,如果在某些测定过程中有1~2个样本不满足需求,我们可以将其剔除掉。

目前人体的微生物的生物学重复一般都设置到50~60,设置100~200不等,人体微生物的影响因素太多,为了消除一些遗传、饮食等背景因素的干扰,所以人体微生物的研究一般是生物学重复越多越好。

问题3

关于样本保存,如果不能及时转移到-80℃该如何处理?

受试者自己在家取样;或取样后24小时内无法送到实验室且无法干冰寄送,请点击阅读《国际人类微生物组项目HMP和IHMS是怎么取粪便样品的?》另有一篇关于样品处理及保存方式是否影响微生物多样性的文献,请点击阅读《『锐帮读』16S测序揭秘:样品处理及保存方式会影响微生物多样性吗?》

问题4

16S分析物种注释时注释到不属于该环境下的物种,是怎么回事?

可能的情况:

(1)样本污染,可能发生在取样、测序过程中,这里特别强调一下锐翌的测序实验过程中是有阴性对照的,所以交付客户的结果是有保障的;

(2)确定比对到该物种丰度的高低,可能是物种比对偏差造成的;

(3)可能客户的样本中本来就有该物种,只是之前尚未发现过,需要进一步验证。

问题5

LefSe分析图表如何理解?

LefSe分析主要用来做组间物种组成的差异,展现形式由进化树圈图和条形柱状图组成。进化树圈图是将所有差异物种按层级关系展示;条形柱状图将富集在某一组的差异物种以不同颜色列出来。

该分析软件有网页版实现途径,这里小锐为大家献上具体操作步骤:《LefSe在线分析教程,轻松Get组间重要差异物种!》

小锐准备的是非常齐全的,该款软件计算原理和参数设置:《不好好学习,怎么做微生物LEfSe分析?》

问题6

相关性图表如何解读?

无论是16S还是宏基因组等微生物研究,我们都会用到相关性,做物种与物种的相关性、物种与临床因子的相关性、差异物种与代谢通路的相关性等分析,表观解释研究现象之间的某种依存关系,并对具有依存关系的现象探讨其相关方向以及相关程度。

相关性图表的解读和文献中应用案例,请参考《跟着Spearman进入相关性分析世界》

……更多问题热烈讨论中

 

学生们的积极发言提问,是对锐翌基因专业技能的肯定,我们心里无比欣慰。在活跃的气氛中,这一场精彩的课堂画上了圆满的句号。